ローカルリポジトリが不要になったら、コミット漏れなどないか確認した後、ディレクトリ毎削除できます。
$ rm -rf <local repository>
See Also
git config
gitのパラメータを設定する
基本操作
init, add, remote, commit, reset, rm
git remoteの使い方
リモートリポジトリを編集する
git clone
Gitリポジトリの複製
ブランチの操作
ブランチを作ったり合わせたり
ファイルの移動
ファイルの移動と名前変更