作業ディレクトリにあるファイルを読み込む。作業ディレクトリの確認・変更は下記を参照。より高速にtibbleなデータ読み込みを行うなら、readrパッケージのほうが便利です。
ファイルの読み込み
ファイルの読み込みにはread.table()関数を使用する。多様なファイルの読み込みに使用できるがパラメータの設定が必要。ビッグデータの読み込みには向いていない。文字列が因子(factor)に変換されないようにするには、stringsAsFactors=FALSEを指定する。
read.table(file, header, sep, row.names, nrows, quote, fill, stringAsFactors, na.strings, skip)
| 引数 | 説明 | 初期値 |
|---|---|---|
| file | ファイル名の相対パス。 | |
| header | 1行目に変数名が含まれているかを示す論理値 | FALSE |
| sep | 区切り文字。 | "” |
| quote | 文字列で使用されている引用符。 | "” |
| fill | 欠損値があった場合に、空白で埋めるかを指定する論理値 | !blank.lines.skip |
| stringsAsFactors | 文字列を因子（factor）に変換するかを指定する論理値 | FALSE |
| row.names | 行名が含まれているかを示す論理値 | |
| nrows | 読み込む行数 | |
| skip | 読み込みをスキップする行数 |
使用例
> data <- read.table("datafile.txt")
CSVファイル
CSVファイルの読み込みにはread.csv()関数を使用すると余計な設定が不要。read.table()のラッパーのため、同じ引数が使用できる。文字列はデフォルトで因子型（factor)になるので、因子(factor)に変換されないようにするには、stringsAsFactors=FALSEを指定する。
read.csv(file, header, sep, quote, fill, stringAsFactors, na.strings, skip)
| 引数 | 説明 | 初期値 |
|---|---|---|
| file | ファイル名の相対パス。 | |
| header | 1行目に変数名が含まれているかを示す論理値 | TRUE |
| sep | 区切り文字。 | , |
| quote | 文字列で使用されている引用符。 | |
| fill | 欠損値があった場合に、空白で埋めるかを指定する論理値 | TRUE |
使用例
> csv.data <- read.csv("mydata.csv")
> csv.data2 <- read.csv("mydata2.csv", stringsAsFactors=FALSE)
TSVファイル
タブ区切りのファイルを読み込むには、read.delim()関数を使用する。read.table()のラッパー。
> data <- read.delim("PeakListSmoothWithPeakRef.txt", header = TRUE, sep = "\t")
Excelファイル
標準では読み込めないのでreadxlパッケージのread_excel()関数を用いる。
read_excel(path, sheet)
| 引数 | 説明 | 初期値 |
|---|---|---|
| path | xlsおよびxlsx形式ファイルのパス | |
| sheet | シートの名前もしくは番号。 デフォルトでは一番最初のシートが読み込まれる | NULL |
使用例
> data <- read_excel("Antibodies.xlsx")
自作のRファイルを読み込む
自前のRコードファイルで作成した関数などを、別のファイルで使用するためには、soucre()関数を使用して、ファイルを読み込む。
source("test.R")
読み込んだファイルの確認
head()
その他の読み込み関数
readLines(),dget(),load(),unserialize()