導入方法
install.packages("ape")
library(ape)
シーケンスアライメントの書き出し
alview(x, file, uppercase, showpos)
| 引数 |
説明 |
初期値 |
| x |
DNAbinクラスのDNA配列、もしくは AAbinクラスのアミノ酸配列 |
|
| file |
ファイル出力する際の、ファイル名。空欄の場合はコンソールに書き出す |
"” |
| uppercase |
大文字で出力するかどうか |
TRUE |
ランダムなphyloクラスオブジェクトの系統樹を作成する
rtree(n)
rtree(10) %>%
plot
系統樹を描写する
plot(x, type, edge.color)
plot.phylo(x, type, edge.color)
Newickフォーマットでの書き出し
write.tree(phy, file, append, digits, tree.names)
| 引数 |
説明 |
初期値 |
| phy |
phyloクラスまたはmultiPhyloクラスのオブジェクト |
|
See Also
CRAN, Bioconductor, GitHubからパッケージをインストールする方法を紹介します。