Rのパッケージを提供するリポジトリには、よく使われるものとして、公式のCRANと生物学の解析に役立つパッケージを提供するBioconductorがあります。多くのパッケージは、公式のCRANからインストールしますが、ゲノム解析等をされる方はBioconductorからインストールすることもあるかと思います。また、開発中のパッケージなどは、GitHubからインストールする場合もあります。
CRANからパッケージをインストールする
パッケージをインストールするためには、install.packages()関数を使用します。パッケージ名は引用符" "で囲む必要があります。
> install.packages("slidify")
> install.packages(c("slidify", "ggplot2", "devtools"))
引数には、文字列のベクターを取れるので、一度に複数のパッケージをインストールすることも出来ます。
Bioconductorからパッケージをインストールする
CRANではなくBioconductorからパッケージをインストールする時には、上記のinstall.packages()関数は使えません。代わりにBiocManger::install()を使います。古い情報では、biocLite()となっているので注意してください。
BiocManagerをインストールしていない場合は、まずinstall.packages()を使ってインストールしましょう。
# BiocManagerパッケージをインストール
install.packages("BiocManager")
library(BiocManager)
インストールが出来たらBiocManager::install()を使って、Bioconductorのリポジトリからパッケージをインストールすることが可能です。ちなみに、CRANにあるパッケージもインストールできます。
# BiocManagerを使ってBioconductorのパッケージをインストール
BiocManager::install("hmdbQuery", version = "3.8")
GitHubからパッケージをインストールする
GitHubからパッケージをインストールするには、devtools::install_github()を使います。
# devtoolsパッケージをインストール
install.packages("devtools")
library(devtools)
# GitHubからggplot2をインストール
devtools::install_github("tidyverse/ggplot2)
pacman::p_load()を使ってインストールする
packmanパッケージに含まれるpacman::p_load()を使うと、パッケージのインストールと読み込みをまとめて実行できる上、CRANとBioconductorのパッケージもどちらも扱えるので、大変便利です。