一部関数がbio3dパッケージとコンフリクトするので注意。
導入方法
常法通りにインストール。
install.packages("seqinr", dep=TRUE)
インストール出来たら、library()で読み込む。
library(seqinr)
read.alignment
配列を含むファイルを読み込む。読み込まれた要素はalignmentクラスのオブジェクトとなる。
read.alignment(file, format)
| 引数 | 説明 |
|---|---|
| file | ファイルのパス |
| format | ファイルのフォーマット。“mase”, “clustal”, “phylip”, “fasta”, “msf"のいずれか。 |
戻り値は以下の内容を含むリストとなる
| names属性 | 説明 |
|---|---|
| nb | 配列の数 |
| nam | 各配列の名前ベクトル |
| seq | 各配列のリスト |
| com | 各配列のコメント。コメントが無い場合はNAを返す。 |
使用例
> AKTalign <- read.alignment("AKT.fasta", format="fasta")
> AKTalign$nb
[1] 3
> AKTalign$nam
[1] "P31749.2" "P31751.2" "Q9Y243.1"
> AKTalign$seq[[1]]
[1] "msdvaivkegwlhkrgeyiktwrpryfllkndgtfigykerpqdvdqreaplnnfsvaqcqlmkterprpntfiirclqwttviertfhvetpeereewttaiqtvadglkkqeeeemdfrsgspsdnsgaeemevslakpkhrvtmnefeylkllgkgtfgkvilvkekatgryyamkilkkevivakdevahtltenrvlqnsrhpfltalkysfqthdrlcfvmeyanggelffhlsrervfsedrarfygaeivsaldylhseknvvyrdlklenlmldkdghikitdfglckegikdgatmktfcgtpeylapevledndygravdwwglgvvmyemmcgrlpfynqdheklfelilmeeirfprtlgpeaksllsgllkkdpkqrlgggsedakeimqhrffagivwqhvyekklsppfkpqvtsetdtryfdeeftaqmititppdqddsmecvdserrphfpqfsysasgta"
> AKTalign$com
[1] NA
read.fasta
FASTA形式のDNA配列やアミノ酸配列を読み込む。読み込まれた要素はSeqFastadnaクラスもしくはSeqFastaAAクラスのオブジェクトとなる。
read.fasta(file, seqtype, as.string)
| 引数 | 説明 | 初期値 |
|---|---|---|
| file | system.file()関数を使用してファイルを指定する。 |
|
| seqtype | DNA配列（“DNA”）かアミノ酸配列（“AA”）を指定する。 | “DNA” |
| as.string | 配列を文字列として格納する真偽値。FALSEの場合は、1文字ずつ格納される。 | FALSE |
戻り値はSeqFastadnaクラスまたはSeqFastaAAクラスのオブジェクトとなる。
使用例
AKTfasta <- read.fasta(
"AKT.fasta"
, seqtype="AA"
)
AAstat
タンパク質のアミノ酸残基数や等電点を計算する。
AAstat(seq)
| 引数 | 説明 |
|---|---|
| seq | 大文字で書かれたタンパク質配列のベクトル |
戻り値は以下の内容を含むリストとなる
| names属性 | 説明 |
|---|---|
| Compo | 各アミノ酸の頻度を含むfactor |
| Prop | アミノ酸の物性による分類ごとの割合 |
| Pi | 等電点 |
> AAstat(AKTseq$P31749.2)
$Compo
* A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
0 25 7 28 49 27 30 13 20 36 41 16 13 22 17 30 23 30 28 7 18
$Prop
$Prop$Tiny
[1] 0.2395833
$Prop$Small
[1] 0.4291667
$Prop$Aliphatic
[1] 0.1854167
$Prop$Aromatic
[1] 0.1354167
$Prop$Non.polar
[1] 0.5020833
$Prop$Polar
[1] 0.4979167
$Prop$Charged
[1] 0.325
$Prop$Basic
[1] 0.1645833
$Prop$Acidic
[1] 0.1604167
$Pi
[1] 5.751068